Sesuai Anggaran Dasar JSIT INDONESIA Pasal 7, JSIT INDONESIA menjalankan fungsinya sebagai:
Penggerak: menjadi penggerak kemajuan pendidikan Indonesia
Pelopor : Menjadi pelopor dalam inovasi pendidikan
Pemberdayaan : Menjadi fasilitator pengembangan kualitas, kebutuhan anggota Jaringan Sekolah Islam Terpadu
Koordinasi: mengkoordinasikan program kerja dan kegiatan JSIT INDONESIA.
Monitoring dan Evaluasi: melakukan pembinaan, pengawasan, penilaian, serta standarisasi penyelenggaraan sekolah bagi anggota JSIT INDONESIA.
Advokasi: Memberikan perlindungan, membuka akses, dan melakukan pembelaan bagi sekolah anggota JSIT.
Kajian Strategis: Melakukan kajian kajian strategis bagi organisasi dan anggota